無垢フローリングと合板フローリング、どちらもメリット・デメリットがあります。確かに無垢フローリングはキズやシミ、収縮、メンテナンスは気になるところだと思います。

まず、キズですが、生活をしていく上でキズは多かれ少なかれ入るものだと思います。しかし、塗装の種類によってはキズが付きにくいものもあります。
PU塗装とUV塗装は表面を塗膜で覆うのでキズが付きにくく、UV塗装はPU塗装よりもキズが付きにくいです。オイル塗装は素材の質感は損なわないものの、オイルが染み込むタイプなので、PU塗装やUV塗装の塗膜で覆うタイプよりはキズがつき易く、シミになり易い。
詳しくはよくある質問と回答の「フローリングの塗装による違いとは？！オイル仕上げやUV塗装、PU塗装の質感？！」をご覧下さい。

シミについては塗装されているタイプのほうが、
無塗装やオイル仕上げよりもシミになり難いと言えます。
ここで、無垢のいいところ！
キズなどが目立ってきたら、表面を研磨して塗装を塗り直しすれば、新品同様になります！ですので、なが〜く使って頂けますよ。

メンテナンスは通常は乾いた布もしくは硬く絞った布で拭き取る程度。年に２〜３回程度、軽めにワックス掛けを行う。ソリについて施工場所の湿度になじませてから施工をする。材の種類にもよりますが、梅雨時期は膨張しやすいので、施工に気をつけなければなりません。
合板フローリングは確かにソリはありませんが、湿気や水気の多いところでは剥離などがおこりやすい。キズは付きにくいのですが、キズが付いてしまうとメッキが剥げたようになります。表面だけが天然の木目でしかも薄いので、長い間使用すると磨耗によって下のベニヤが見えてそこだけが目立ちます。こうなると合板は全て張り替えなければなりません。価格は無垢に比べると若干安いですが、施工にかかる費用はほとんど差がでないので、どちらを選ぶかはお客様次第です。